هانتیگتون در دانشگاه‌های ییل و شیکاگو تا مرحلة فوق لیسانس تحصیل کرد. دکترای علوم سیاسی را از دانشگاه هاروارد گرفت و در همان دانشگاه به تدریس پرداخت. از سال ۱۹۸۹ تا هفتاد سالگی ریاست مرکز مطالعات استراتژیک دانشگاه هاروارد را عهده‌دار بود.
علاوه بر این، مسئولیت‌های متعدد دیگری را هم بر عهده داشته است، از جمله:
- دستیار تحقیقات امور دفاعی در مؤسسة مطالعاتی بروکینگز (۵۳-۱۹۵۲۹
- پژوهشگر شورای تحقیقات علوم اجتماعی آمریکا(۵۷-۱۹۵۴)
- دستیار مؤسسة جنگ و صلح در دانشگاه کلمبیای نیویورک (۱۹۵۸)
- هماهنگ کنندة دفتر طرح و برنامه ریزی شورای امنیت ملی آمریکادر دورة برژینسکی (۷۸-۱۹۷۷)
- تحللیگر امور دفاعی و استراتژیک در وزارت دفاع و خارجة آمریکا (از ۱۹۸۵ تا کنون)
- ریاست انجمن مطالعات علوم سیاسی آمریکا (۸۷-۱۹۸۶) - بنیانگذار و سردبیر مجلة سیاست خارجی (۷۷-۱۹۷۰)
هانتینگتون در ایران نیز به دلیل نظریه برخورد تمدن‌ها از شهرت بهره‌مند است و کتاب‌های زیر از وی به فارسی ترجمه شده است.
سامان سیاسی در جوامع دست‌خوش دگرگونی، مترجم: محسن ثلاثی ناشر: علم
موج سوم دموکراسی در پایان سده ۲۰، مترجم: احمد شهسا، ناشر: روزنه
جالشهای هویت در آمریکا، مترجم محمودرضا گلشن پژوه و دیگران، ناشر: ابرار معاصر
چند جهانی شدن - گوناگونی فرهنگی در جهان کنونی (همراه با پیتر برگر، مترجم: علی کمالی ناشر: روزنه، ۱۳۸۴
ساموئل هانتینگتون 24 دسامبر 2008 در سن 81 سالگی درگذشت.
